这三个具有不同环境特征的天然区划：首先，玛雅人可能在危地马拉高地发展了其整个文明赖以存在的农业系统；第二，他们高度专业化的文化起源于内陆盆地，并在紧邻西部草木茂盛的乌苏马辛塔河流域达到了最完美的表现形式；第三，玛雅人的复兴和最后的衰败发生在第三部分，即半岛的北部。其中，第二和第三部分融合在一起，没有清晰的分界线。
南部的山脉形成了巨大的月牙形支撑，尤卡坦半岛从该处向北延伸。公元前两千多年或一千多年时，在这一地区的某个地方，很可能是在危地马拉西部，玛雅人发展出了农业系统，从而奠定了整个玛雅文明的基础。
这个地区由高原、火山形成的山脉将高地的山谷隔开，其中塔胡穆尔科火山海拔4142米，塔卡纳火山海拔4000米，阿瓜火山海拔3690米，富埃戈火山海拔3773米，阿卡特南戈火山海拔3896米，圣玛丽亚火山海拔3700米和帕卡亚火山海拔2503米。其中前三座是死火山，后四座是活火山，它们都在危地马拉。
该地区有两条主要的河流，塔瓜河发源于危地马拉的基切省，向东北流动，最后注入洪都拉斯湾。这是加勒比海西南延伸的部分，位于巴里奥斯港以东。乌苏马辛塔河，由三条主要支流组成，分别是帕西翁河、萨利纳斯河、拉坎敦河。帕西翁河发源于上韦拉帕斯省，在总体上向北和向西流动，之后与萨利纳斯河汇合，后者发源于韦韦特南戈，并在古老的玛雅城市祭台城与帕西翁河汇合。
该地位于两条河流之间的土地上，拉坎敦河向东流向墨西哥恰帕斯州、向北流向危地马拉的韦韦特南戈和基切，然后向东在祭台城下35公里处汇入帕西翁河、萨利纳斯河的合流。帕西翁河和萨利纳斯河交汇后的下游被称为乌苏马辛塔河，是中美洲最大的河流之一。它形成了佩滕省的西部边界，并通过数条不同的分支——帕利萨达河、圣佩德罗河、圣巴勃罗河以及其中最大的格赖瓦尔河——注入墨西哥湾。乌苏马辛塔河及其支流是玛雅古帝国的主要水路。