麦罗埃的劫掠激起了罗马的反击，罗马军队曾直入纳帕塔并造成了严重的破坏。当罗马军队撤回埃及时，他们携带着数千名将典卖为效的俘虏。尽管遭到此次军事入侵，麦罗埃王国在国王奈特卡玛尼(Netekamani，在位时间为公元前12一公元12年)的领导下，还是恢复到其权力和艺术成就的顶峰。在奈特卡玛尼统治期间，麦罗埃王的版图南起埃塞俄比亚山麓，北到第一瀑布地区。这一时期的财富主要表现在殿庙和王宫的建造上。在接下来的两个世纪里，麦罗埃与埃及的罗马统治者之间的关系通常是友好的，麦罗埃受益于罗马跨越红海、进入印度洋的贸易扩展。
麦罗埃王国是在公元300年后的某个时期灭亡的，自那时起就没有了王家陵墓，麦罗埃城也在公元300—350年间的某个时期被遗弃了。多方面因素导致了麦罗埃王国的衰落，麦罗埃早期的实力是建立在强大的炼铁业、农业基地和外贸财富基础上的。公元200—300年，麦罗埃逐渐丧失了这两个优势，由于过度利用，环境退化，耕地逐渐减少，土地沙漠化严重，国力也慢慢衰退下去。
此外，麦罗埃也丧失其有利的贸易地位，麦罗埃的贸易与罗马统治下的埃及紧密联系在一起，麦罗埃是沿尼罗河和红海一带的连接带。随着罗马人财富的减少，对麦罗埃奢侈品的需求也随之减少。同时，麦罗埃通向印度洋的红海贸易也为位置更好的近邻——阿克苏姆王国所取代。约在公元350年，阿克苏姆国王埃扎纳(Ezana)的军队侵入麦罗埃，麦罗埃王国覆灭。无论如何，这也是个存在了1300多年的王国，除了日本的菊花王朝之外，它是存在时间最长的王朝（第三是印度西索迪亚王朝，第四是卡佩王朝及其分支）。