建武五年
三月
刘永的残余力量终于被清剿殆尽，刘秀腾得出手来收拾张步了。
于是命建威大将军耿弇领兵数万率泰山太守吕户、骑都尉刘歆讨伐张步。
张步急忙以大将费邑为济南王，令他屯兵历下。又分兵防守祝阿，呈犄角之势。又屯驻大军于钟城以为后援。
但是耿弇率领汉军兵临祝阿城下之后，一日就攻下了祝阿，并故意放张步败兵逃回钟城，动摇张步的军心。
钟城军民听了，异常震恐。全城之人弃城东逃。于是，耿弇又兵不血刃地拿下了钟城。
费邑得报，急忙分兵于其弟费敢，令其镇守巨里。耿弇采取围点打援之计，围攻巨里，诱使费邑率军来救，半路伏击，斩杀费邑，其军皆没。
耿弇攻势十分凶猛，张步接连败下阵来，不断后退，甚至将都城临淄都丢了。
最后集结十余万，想要在剧县以西洋水边，与耿弇一决胜负，大战了一整天，谁也奈何不了谁。
但是听闻刘秀率军亲至的消息，再想到他昆阳、容城、邯郸这些大战的战绩，心中惶恐。
又认为汉军作战了整整一天，必然已经入睡，便下令全军撤退，带着残部以及辎重乘夜撤走。
没想到，走到半路上，汉军伏兵大起，张步军大乱，各自奔逃。耿弇乘机挥师掩杀，张步大败，纵马向剧县方向逃窜。
汉军穷追不舍，一直追到臣昧水上，又是大杀一阵。从临淄至臣昧河边八九十里，到处都是死尸。
临淄一战结束后，张步军死伤无算，只得令部将分兵各地，据城力守，以求喘息。
但是耿弇却不给他任何机会，继续挥师东进，直取张步的老巢——剧县。
张步的主力精锐丧失殆尽，无力再战。他不得不放弃剧县，带领残部向南逃窜。刘秀率军入城，又令耿弇率军穷追，张步狼狈逃奔平寿。
眼看就要败亡，苏茂及时领精兵数万前来支援，刘秀这才稍稍停歇，张步也得以停下脚步。
张步见到苏茂，就如同见到亲人一般，又是泪水又是感激，但是苏茂却不领情道：
“以南阳那样的精兵，延岑那样善战，都被耿弇打败逃走。大王怎么主动攻他的营寨呢？既然叫我来助阵，为什么不等我就进军呢？”
张步脸红，尴尬道：“实在对不起，都是我的错，我无话可说。”
而另一边刘秀见到张步、苏茂合兵一处，有些难受，又为了速战速决，毕竟如今刘秀军主力都在齐地，耽搁的时间久了，怕陇西和蜀地的两位有什么心思。
这时太中大夫苏谨提出驱狼吞虎之计。
于是刘秀派遣使者告诉张步、苏茂：“你们谁能斩对方首级来投降，我不仅不追究之前的旧怨，还会封谁为侯。”
十月
得到刘秀书信的张步，想到刘秀连陷害自己兄长的朱鲔都能宽恕，可行的还是很高的。
于是在夜里，带着亲卫闯入苏茂的府邸，斩下了苏茂的首级，并派使者奉苏茂首级投降，而耿弇也不出意外的接受了张步的投降。
随后张步脱去上衣身负斧锧到汉军军门请罪，耿弇把张步送到刘秀的行辕，刘秀遵守诺言，封张步为安丘侯，其亲族部将也各自在当地的郡县投案自首，自己将自己关进了牢狱。
刘秀耗费了一年，终于平定了齐地。
建武六年
四月
刘秀率领大军十余万，带着大将吴汉、王常、盖延、王梁、马武、王霸等，亲征占据东海郡周边各地的海西王董宪。
这是刘秀唯一一次军力超过敌军的战斗，汉军以吹枯拉朽之势，一路直指董宪都城海西。
六月
汉军大将庞萌起兵反叛，袭击了一同的盖延军队，盖延方向的汉军大败，随后又与董宪取得联系，想要打通双方的道路。
于是董宪集结自己全部兵力想要攻下建阳，接应庞萌。
刘秀听闻庞萌反叛，急令各军绞杀，于是双方在建阳遭遇，大战一触即发。
刘秀原本就兵力占优，即使损失了盖延一路，也足以覆灭董宪。
于是在刘秀与麾下大将的指挥下，庞萌被斩杀，董宪军大溃，一路往东逃回海西。
八月
董宪率领败军退守朐县，自己及其部下的妻子儿女也都在上一战中被汉军俘获，董宪觉得自己已经没有抵抗的意义了，准备向刘秀投降。
只是此时刘秀见自己待在这里已经没有意义了，便已经回了雒阳，大军由大将吴汉在指挥。
董宪流泪对将士们说：“现在妻子儿女已被吴汉所获。长时间使各位受苦了。”
说完便带领数十名骑兵连夜离开，想从小路前去投降，但是吴汉的校尉韩湛在方与县追上并杀死了董宪，都将他的首级送到雒阳。
刘秀便封韩湛为列侯。
九月
经过近六年的东征西讨，刘秀已经基本上控制了除陇右和巴蜀之外的广大中原之地，基本上平定了关东，只有一些微小的叛军和起义军，这对于刘秀而言，已经不需要关注了，留给各地太守和守将就好。