将这一切看在眼里的皮耶罗当然想在接下来的赛季中用自己的俱乐部表现挽回声势，实际的情况也的确是这样，回到俱乐部的他似乎又回到了佛挡杀佛神挡杀神的状态中，与国家队队友因扎吉组成的双子星锋线再次让整个欧洲颤抖，但在月8日尤文图斯客场对阵与乌迪内斯的比赛中令人没有想到的事情发生了，在一次碰撞中左膝十字韧带多处撕裂，宣布赛季报销！
伤势甚至严重到意大利当时的医疗水平都无法保证给皮耶罗最好的治疗，考虑再三的尤文图斯派出队医和皮耶罗一起赴美请世界最顶尖的专家手术。
经过长达九个月的治疗与多次手术之后，皮耶罗终于在第二个赛季回到了赛场，但状态一落千丈的他在1999-2000赛季的整个赛季里只打进了九粒进球，而其中居然八粒均为点球！本来作为球队的绝对核心，第一点球手的他主罚点球没有任何的问题，但与他并称为双子星的因扎吉理所当然的生出了不满。
若是当时论实力，受过伤后的皮耶罗已经与因扎吉相去甚远，在他接受治疗的九个月里也是因扎吉为球队攻城拔寨，立下汗马功劳，但当皮耶罗回归之后，不仅表现难以让人信服，还主罚了所有的点球，这样的情况平心而论谁都会不满！
就连凯尼也是这样想的！凭什么我拿命搏来的点球就全都让你罚？刷数据的时候你就来了？
而沦为“点球前锋”的皮耶罗当然不是这样想的，他希望用更多的进球找回自信，所以在比赛中他给因扎吉的传球越来越少，而作为抢点型前锋，生存在越位线上的男人，因扎吉当然需要搭档的传球而自己则利用强项打出致命一击！
对此因扎吉自然十分不满，他多次通过经纪人向俱乐部抗议皮耶罗不进球却拿球队内的顶薪，希望自己也能与皮耶罗拿到相同的薪水。
站在因扎吉的角度上看自然没错，自己做了最多的事，现在的实力也不比皮耶罗差，为什么就能有相同的待遇呢？
但皮耶罗从俱乐部高层得知了这件事后却是十分愤怒，我伤愈复出需要进球来找回状态，你不仅不帮助我，还过河拆桥向着俱乐部要求涨薪，这不是明摆着告诉所有人皮耶罗不配拿那样的高薪吗！
所以至此两人的关系完全破裂。
赛季，在对阵威尼斯的比赛中，状态正热的因扎吉上演帽子戏法，而搭档皮耶罗却只能利用前者创造的点球攻进一球，这对于高傲的皮耶罗来说是莫大的羞辱，其中因扎吉有两次带球和皮耶罗一起面对空门，但心怀不满的因扎吉并没有给皮耶罗攻进一个运动战进球的机会，而是自己将球打进。
这也让两人劈裂的关系被媒体报于纸上，其实在凯尼看来，传球是友谊，而不传球则是自己的本分，人不为己天诛地灭！
而在另一场对拉齐奥的比赛中，皮耶罗在门前没有将球传给无人防守因扎吉，结果错失良机，批评声再次高涨，有媒体甚至说，两个人在更衣室中互骂并动了手。
在刚刚结束的欧洲杯中两人更是如此，并未同场首发搭档过，而最令因扎吉不满的是主帅佐夫还是选择相信状态不佳的皮耶罗，没有选择在联赛中大杀四方的自己。
所以面对两失单刀，又错失补射良机，此时还发着牢骚的皮耶罗，因扎吉再也控制不住自己愤怒的情绪，冷漠的离开了庆功的酒吧中。
此时的众位队员都认为是因扎吉发泄自己的不满而已，但只有知道后来事态发展的凯尼才明白，这时的因扎吉或许已经与AC米兰实际控制者，皮耶罗口中肮脏的政客贝卢斯科尼达成了转会的事宜！