随着玛雅世界规模不断扩大，不同人口群体之间的差异也在扩大，这可以从文化习俗或方言中看出来。与墨西哥中部的托尔特克人、阿兹特克人或安第斯山脉的印加人不同，玛雅人从未意识到自己是玛雅人这个单一身份中的一部分，当然也从未在政治上团结一致过。实际上，他们甚至没有称自己为“玛雅人”。与之相反就像古希腊一样，他们形成了独立的自治城邦，同时保持着共同的“玛雅”根源。
这些刚建立的城邦与其他中美洲文明有所接触，特别是奥尔梅克文明。当时，奥尔梅克人建城已久，处于权力顶峰，事实证明他们是玛雅人的重要贸易伙伴，而且玛雅人和奥尔梅克人之间思想的联系和交流也对玛雅文化产生了长期且深远的影响。玛雅人吸收了奥尔梅克人从崇拜美洲豹到崇拜像羽蛇和玉米神这样的个体神灵的基本信仰以及语言和艺术风格元素。在玛雅城邦中也有建造与奥尔梅克人非常相似的雕塑，其中有看起来像玛雅人的着名巨石头像。
也许一开始是奥尔梅克人的影响在一定程度上激励了玛雅人把他们的村庄建设为城邦。纳克贝是玛雅最早的城邦之一，在公元前8世纪已经有人居住并扩展到了前所未有的规模，此地建有许多巨型平台，平台之上可建造许多石灰石建筑。这标志着纳克贝从主要的定居点变成了拥有公民、政治和宗教中心的城邦。随着时间的推移，纳克贝建成了一座高46米的金字塔，还有极具象征性的“波塔波”球赛的首批球场，碾碎的白色灰泥所筑成的堤道将这些建筑连接起来。
这些城邦也在灌溉方面取得了进步，农业得到了改善，养活了日益增长的人口。玛雅文明的中心是圣城埃尔米拉多，这座前古典时期晚期的巨型城邦预示着玛雅城邦的未来，该城邦中心占地26平方公里，拥有数千座建筑。即使建在沼泽附近，玛雅人也利用了这一地理环境。他们在泥土中加入一些石灰，使土壤更加肥沃，供庄稼生长，这使得埃尔米拉多可以养活超过10万的玛雅人，可以与古典时期最大的城邦和其他中美洲大都市相媲美，比如特奥蒂瓦坎城和两千年后处于鼎盛时期的阿兹特克首府特诺奇蒂特兰。这里有两座巨型金字塔：埃尔米拉多金字塔和旦达金字塔，分别高55米和72米，旦达金字塔是有史以来最大的金字塔之一，其体积为280万立方米。
不过，金字塔并不是玛雅城邦中神圣场地中的唯一建筑。在埃尔米拉多和纳克贝，“波塔波”球赛场地都建在市中心，离广场不远，靠近寺庙和宫殿。这种球类游戏不仅仅是一项简单的运动，还具有精神意义，代表了玛雅人对创造的信仰。在可能起源于奥尔梅克文明的中美洲文化中也可以看到类似的球赛，当时还建有成千上万个球场。
“波塔波”球赛中，两支球队在一个两边都有倾斜墙壁的狭窄场地上进行比赛。球员需要把一个沉重的橡皮球抛到空中，把它传给队友，要么是为了让它进入对手的终点区。然而，球员们不能用手或脚击球，只能用臀部、膝盖、肩膀和头部击球。球重约4公斤，因此有时会造成球员重伤。