哲别对身边的一名千户长说，你带领你的千人队，在城内寻找一些马车，押解图儿罕太后和这些嫔妃、公主回撒马尔罕，交由成吉思汗处置，并面呈我军军报。至于这一百余名侍女，除了给我和速不台各留两个之外，其余的全部赏赐给副千户长以上的将领为妾，照顾他们的饮食起居。
该千户长领命而去。
图儿罕等人被押解走后，哲别召来可疾云城长官之子说，我任命你为哈伦堡长官，我军将在哈伦堡休整一些日子，这段日子，你就负责训练哈伦堡守军吧。
可疾云城长官之子兴奋说，谢哲别大人！
之后，哲别偏军驻扎于哈伦堡，一边休整，一边派出哨探打听阿拉丁等人行踪。
一千名蒙古骑兵押解乘有图儿罕太后和阿拉丁摩诃末苏丹的嫔妃、公主的五辆马车，取直道行军十余日，历程两千余里，来到撒马尔罕。
攻克撒马尔罕后，成吉思汗率领四万骑兵、两万攻城步兵、一万重兵器车兵和工匠兵、一万后勤步兵，继续驻扎于撒马尔罕，一边恢复生产、维持秩序，一边派出若干支小部队到附近城池收降城内守军和百姓。