与以往一样，主角和纪熟飞在公众面前一直戴着面罩，隐藏自己的庐山真面目。
在这八年中，世界发生了翻天覆地的变化，其中最令人高兴的是霸末和怨遥被联合军指挥部释放，回到了后明帝国的怀抱，而且是由联军最高长官亲自护送回来的。
联军一贯以后明帝国为敌，为何又突然示好？
真相很简单，因为当今世界早已不再是人类一族独大的时代，第二隐形岛的冰层大半都融化了，从冰层里释出的各种史前巨兽在各地肆虐成灾，各国深受其害，甚至不少小国直接灭亡。
人类的军力对付三十米长的完美蜈蚣亦很吃力。在上百米的巨兽面前更加捉襟见肘，除了核武器，别无他法，有核国家毕竟少之又少。当遇到上千米的超级魔兽时，人类只能撒丫子逃命。不过幸好上千米的超级魔兽十分罕见。