武田军先阵军势才与小笠原军展开近战，侧翼就在不久后遭到突袭，由于不知小笠原军的虚实，导致武田军顿时乱成一团，进退失据。
小笠原长时趁机纵兵击之，尽情冲杀。
小笠原家重臣犬甘政德在混战之中将岩崎胜秀讨取，二木重高将栗原正清讨取。
最后，仅有今井虎意率十余人仓皇突围逃往村井城，其余人马则是四散而逃，积尸数里。
在讨取了武田军三百五十余人之后，小笠原长时顺利将武田军的先阵击溃，算是在盐尻岭惨败之后稍微挽回了一些颜面。
可好景不长，武田晴信在获知先阵军势的败绩后怒不可遏，随即亲自调度指挥进行反击。
毕竟小笠原军兵力寡少，加上先前接连损兵折将、丢城失地，士气和战意逐渐降低。
很快，小笠原家的勇猛之士草间肥前守、泉石见守等人相继被武田军讨取。
随着草间肥前守、泉石见守等人的阵亡，小笠原军士气顿时跌落谷底，再无恢复的可能。
就算小笠原长时再骁勇善战，也最终被武田晴信击溃，他只带着十余名马廻众狼狈逃到其本据林城之中。
另一方面，小幡宪重、小幡信真父子二人倒是运气不错，还没正式开始浪人生涯，就很快被武田晴信招揽过去，并安置在信浓佐久郡与上野境目地带的南牧城。同时，武田晴信还将南牧城周边的小泽、市河、悬河、高桥等族的地头武士配置给小幡宪重，并让其训练骑马武士。
之所以武田晴信会立即将小幡宪重招揽为家臣，是因为眼下信浓一国的局势对于武田家来说还是较为严峻的。
虽说北面的越后上杉家因冬季大雪封山，无法出兵进入信浓一国对村上家、小笠原家进行支援，但武田家在上田原之战的损失还是较大的，急需增强战力而小幡家在关东八国很早就享有‘马上巧者’之称，其家中武士皆擅长马上作战，而非寻常骑马武士那样进行下马作战，是真正意义上的骑兵。
武田晴信很早就派遣御用忍者众透波众潜入上野一国进行打探，他经过透波众的情报后分析，越后上杉家迟早会将上野一国兼并。故而，他迫切的盼望像小幡宪重、小幡信真父子这样失去领地的上野国人领主加盟。
如此一来，武田家就可以通过小幡宪重来对上野一国的国人领主进行调略寝反，届时就能让越后上杉家疲于奔命，好让武田家趁机夺取信浓一国。
就在足利义晴许可由上杉清定来继承山内上杉家家名后不久，他就将征夷大将军、足利将军家家督、武家栋梁等位让予嫡男足利义藤，自己改称大御所，并担任足利义藤的后见役，从旁进行指导。