来访者在地球上发现了异生兽出现过的痕迹，那沉睡已久的恐惧再次冒了出来，为了防止地球被异生兽毁灭，也是为了它们能够在地球上生活下去。
来访者决定对地球进行科技援助。
在那段日子中，地球的科技实现了阶段性的突破，但是就只靠这些武器的话没办法给来访者足够的安全感。
于是乎……
生物兵器计划再次被提上日程。
但是黑暗扎基的先例就摆在眼前，这次的生物兵器绝对不能重现黑暗扎基的惨剧，怎样解决这个问题就成为了摆在所有人面前的一座无法跨越的大山。
焦虑和恐惧渐渐地在来访者中蔓延。
如果继续这样下去的话异生兽迟早会复活，直到五年后，诺亚沉睡的遗迹被发现，一同发现的还有两道未知的光芒。
而那就是地球的大地和海洋之光。
最后。
以三道光芒为基础，再加上只存在于某些人类中的特殊基因，也就是超古代战士的基因。将这些东西相互结合，最终诞生出了一个全新的生命体。
一个拥有人类感情的，完美的生物兵器。
也就是怜。
但是黑暗扎基以灵魂的方式来到了地球，它附身在某位研究员的身上等待着复活的时机。
而现在就是最好的时机！
只要夺取了这幅身体，将沉睡在这具身体当中的光芒全部转化为黑暗就能够它复活！
但是很可惜。
来访者们再次以生命为代价阻止了黑暗扎基。
它们引爆了研究所，爆炸产生的火焰几乎吞噬了一切。但尽管做到了这种程度，还是让黑暗扎基夺走了怜的部分光芒，让它再次拥有了实体化的力量。
也就是后来出现的黑暗梅菲斯特。
但还没等它高兴就被一柄利刃贯穿了胸膛：“阁下不是人，而且还有着如此邪恶的气，在下是绝对不会允许尔等肆意妄为的！”
随着话音落下，黑暗梅菲斯特变被一股强大的力量给封印到了地底当中。可这只不过是缓兵之计，在多年之后黑暗梅菲斯特便会冲破封印再次祸乱人间。
而能够解决这一切的人就是静静的躺在武士怀里的婴儿。
……
……
“那个被武士带走的婴儿，就是你！秋山怜！”
“所以呢？”
这个故事确实解开了怜很多的疑惑，但是那又如何？既然他是为了消灭异生兽而被制造出来的，那他就要履行自己的责任，将所有的异生兽全部消灭。
“既然你都说了我是来访者制造出来的生物兵器，那么消灭你就是我的责任。”
“话说的很好，但是就凭你现在狼狈的样子要怎么消灭我呢？我就是要让你看着，看着我是如何恢复自己的力量的。”
随后【异形之海】缓缓散去，重新回到了两人战斗开始之前的海底。
也就是封印着这颗星球上最恐怖的黑暗的地方——露露耶遗迹。