昭义节度使高浔与河中节度使王重荣，南渡渭水合力克复华州，截断了黄巢与关东的联系。
五月十九日
邠宁节度使朱玫以泾、岐、麟、夏诸兵八万人屯驻兴平，李孝昌、拓跋思恭率部三万固守东渭桥，收复北垒。
十一月
再次受到朝廷征召的李克用，领沙陀六千骑，汇合陈景思一万一千步军，合计一万七千，过太原，前往京师长安。
适时黄巢大将朱温被王重荣重兵包围，情况紧急。
朱温估计黄巢势力日衰将败，随即斩杀军中的黄巢大将马恭，带领人马向王重荣投降。
不仅是朱温，这段时间有很多起义军将领都率部请降，黄巢局势愈加危险。
中和三年正月
这时朝廷的招讨主帅已经由唐弘夫换成了宰相王铎。
各路人马齐聚，王铎认为此时是进剿起义军的最好时机。
遂命雁门节度使李克用领兵出击，于渭南打破贼众数万。
朝廷因功任命其为东北行营都统。
月末，因为朝中党争影响，招讨主帅王铎与副帅崔安潜均被罢官。
李克用由是独领兵自岚州、石州出发，经夏阳，屯驻沙苑，击破黄巢麾下大将黄癸，斩首万余，进驻乾坑。
二月
唐廷会合河中、易定、忠武等地兵力共计数万迎击黄巢。
黄巢以王璠、林言、赵璋、尚让诸部十余万合战。
双方在梁田陂大混战，最终黄巢战败，被俘者数万，陈尸三十里。
战事持续到现在，由于起义军连战连败，之前劫掠的军粮也用尽了，许多统领、部将都不愿意听从调遣，私下有逃离的打算。
于是为了防止部众遁往关东，黄巢命人发兵三万，扼住蓝田的通道，并派尚让援救华州。
三月
李克用带领王重荣等节度使于零口迎战起义军，大胜，攻克华州，再一次断绝起义军向东逃窜的道路。
四月
李克用派部将杨守宗，汇合河中将领白志迁、忠武将领庞从等，率本部精锐部队为先锋，抢占渭桥。
起义军不能挡，三战三败，唐军由是在李克用的带领下第二次挺进长安。
四月二十八日
各镇唐军在本部节度使的带领下从长安各门进入，李克用亲自指挥战斗，呐喊声震天动地，起义军溃败，黄巢乘夜遁走。
逃出长安的黄巢尚有十五万兵马。
路上扬言要攻打华州，返回洛阳，实则偷偷出蓝田，入商山。
等到唐军反应过来，派出骑兵追击。
眼见形势危急，黄巢也顾不得金银，命沿路丢弃财物。
尾追的唐军见状纷纷下马争相拾取，无心追赶。
黄巢因此得以整军撤退。
走出商山的黄巢率军东去，准备出走徐州，派孟楷为先锋攻蔡州。
为镇守此地的忠武军节度使秦宗权所败。
旋即起义军又转攻陈州，再败，甚至自身死于陈州城下。
面临生死存亡，黄巢再次出山，亲自领兵围攻，终于将陈州攻克，并接连攻下邓、许、孟、洛等地，再东入徐、兖数十州。
历时数月，终于跳出唐军的层层包围圈。