见李隆基不愿意饶过自己，李慈便欲反抗，才一起身，还未拔剑，便被李适之眼疾手快，一剑枭首。
随着左右羽林卫主将身死，李隆基凭借自己的皇帝的身份，亲临二军驻地，成功控制两军。
见两军被自己控制，李隆基终于松了一口气，随之带着众人来到内侍省。
在这里逮捕了太平公主的心腹中书舍人李猷、右散骑常侍贾膺福，掌控宫内。
又在尚书省抓住投靠太平公主的右相萧至忠与左相岑羲。
下令将上述四人一起斩首。
尚书左仆射窦怀贞见形势不对，夺路而逃，跳入城壕之中自缢而死。
随着宫中愈来愈乱，李旦终于听到事变的消息，登上承天门的门楼询问左右：
“宫中出了何事，是谁在叛乱？”
兵部尚书郭元振上前说道：“皇帝只是奉太上皇诰命诛杀窦怀贞等奸臣逆党，并没有发生什么其他的事。”
这时候，满身血迹的李隆基也来到了门楼，并没有说话，只是向着李旦行礼。
李旦叹了口气，承认了李隆基这次宫变的合理性，将萧至忠、岑羲、窦怀贞等人列为罪人，陈列他们的罪状，并宣布大赦天下。
李隆基的亲信心腹在长安城中大索三天也没有发现太平公主的身影。
直到八月三日，太平公主才从山寺中出来，回到公主府。
原来在李隆基大肆诛杀自己的党羽时，为了保住性命，不得不逃入山上的佛寺之中避祸，等到城中平静下来，才出来。
出来的第一时间便请求面见李旦，却被李隆基阻止。
“她毕竟是朕的妹妹，你的姑姑，如今他已经没有力量再对付你了，就留她一命吧。”
李隆基面无表情的看着李旦，摇头道：“不行，如果她活着，这次动乱便没有正确的名义，哪有贼从死了，贼首还活着的道理。”
“若她不死，跟随我的功臣心中一定不会安定，那些原本投向她的人一定还会有所行动，这样一来，国家就乱了。”
见李隆基丝毫不退，李旦也没有办法，只是摆了摆手，表示自己累了。
等到李隆基回到武德殿不久，李旦便让人将代表皇帝的真正印玺全部送了过来。
李隆基沉默了片刻，还是下达了“赐死”的命令。
八月五日，太平公主因为谋逆之罪，被赐死公主府，原先攀附她的官员急忙与其撇清关系。
至此，李隆基才算是正在的掌握权力。
不过连续两次兵变，大大地伤了朝廷的元气，吏治的混乱、腐败，边疆的战事亟待李隆基治理、解决。
八月十九日
李隆基下诏改元“开元”，表明了自己励精图治，再创唐朝伟业的决心。
任命因为支持自己，被贬为刺史的原右相姚崇官复原职，重拜右相，协助自己处理国政。
在这场政变中居功甚伟的刑部尚书李适之为左相，掌管中书省、宫内藏书等。
一同被贬的白湟、宋璟二人重新返回长安，白湟任职尚书左仆射，宋璟为右仆射。