武德六年，就在北方平定不久，南方又乱了起来，一直提防着的杜伏威旧部，其义弟辅公祏本就与杜伏威不和。
趁着杜伏威入朝为官，窃据丹阳，举兵反唐。
李渊得知消息后，当即命襄州道行台、尚书左仆射李孝恭为帅，校检荆州刺史李靖为副帅，率李勣等七总管东下讨伐。
诸将都说辅公祏的部将冯惠亮、陈正通等人都掌握强大的兵力，肯定是想要守险不战，因此构城筑垒连绵数十里。
仓猝之间是不能攻取的，不如直指丹阳，掩袭辅公祏的巢穴，丹阳一旦攻破，冯惠亮等人自然不能持守，投降就显得很顺利了，江南动乱如是可以平定。
李孝恭认为诸将说的没错，刚想采纳诸将的意见，被李靖打断。
李靖透辟地分析了敌方形势，认为辅公祏的精锐兵力，虽然集中冯惠亮、陈正通等人身上，然而他自己统帅的军队，也都是骁勇的士卒。
冯惠亮等驻守的城栅尚且不能攻取，辅公祏固守的石头城难道是可以轻易攻取的吗？
如果我军直奔丹阳，旬月之间都不能攻下而滞留在那里，前面的辅公祏没有平定，后边的冯惠亮也是一大隐患，这样我们就会腹背受敌，恐怕不是万全之计。
且冯惠亮、陈正通都是身经百战的贼将，是决不会害怕野战的。
之所以结寨立栅，只因为辅公祏定下计谋，命令他们持重防守，只想不出战拖延时间使我军疲劳而已。
现在如果我们进攻冯惠亮、陈正通的城栅，就可以打他个出其不意，消灭敌贼的机会，只在此一举。
李孝恭素知李靖善兵，所以十分信任他，采纳了他的建议。
于是命令李靖率领黄君汉等将先攻打冯惠亮，自己率领大军押后。
很快，在李靖的指挥下，唐军经过苦战数日，终于是击破了冯惠亮的营寨，斩杀溺死敌军万余人，贼将冯惠亮败走。
没了冯惠亮抵挡，李靖很快便兵临丹阳，辅公祏大惧，派遣将领左游仙领兵据守，自己拥兵东走，退往吴郡。
主帅奔走，对士气的打击自然十分之大，所以唐军很快便攻破了丹阳，擒获左游仙、冯惠亮、陈正通等将。
进而于吴郡击败辅公祏，将其擒获，江南由此大定。
为了稳定东南，李渊于此设东南道行台，以李孝恭为东南道行台尚书令，江淮及岭南诸州都归他所统摄。
李靖为行台兵部尚书。
但仿佛上天并不想让大唐如此安稳，就在平定辅公祏不久，北边的突厥，就在刘黑闼的蛊惑下，发动了对大唐的南侵。
武德八年八月，突厥颉利可汗率十余万人越过石岭，大举进犯太原（原名晋阳），太原府总管白集据城力守，派人快马加鞭，向长安求援。
李渊大惊，当即就要派李世民率领中央卫军前往支援，却被白槐阻止。
“陛下，不可如此慌张，如今突厥虽正在攻打太原，焉知其没有对长安觊觎的人想法。”
“按理说，从边境到这里，应该从夏州出兵，但为何颉利不攻长安，而是转攻太原，只是因为长安兵众而已。”
“若陛下贸然将长安之兵调往太原，突厥人依仗马快，能够快速的从太原转进，由阴山向南，渡过黄河，直攻长安。”
“届时大军都在太原，很难回师，长安危矣。”
李渊急得团团转，说道：“那可怎么办，难道就放任突厥攻打太原不管吗？”