“恐怕很难。”
桓温又问：
“那还有什么好的办法吗？”
郗超则建议桓温效仿伊尹、霍光，废立皇帝，以重立威权。
桓温遂决定废黜皇帝司马奕。
司马奕是司马丕之子，去年司马丕突然暴毙，由此而登基。
十一月
桓温带兵入朝，威逼褚太后废除了司马奕的帝位。
他又诬称司马奕因阳痿不能生育，让宠臣相龙、计好、朱炅宝等人与后宫美人私通，所生三子皆非是皇子，不可建储为王。
迫于刀兵，褚太后只得集百官于朝堂，并下诏废司马奕为东海王。
十一月二十一日
桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，改元咸安。
晋朝开国百余年，从未发生废立之事。
桓温擅行废立，不仅令百官震栗，就连桓温自己也是紧张不已。
因此，对于朝中的风吹草动格外敏感，稍有不顺着，刀斧加身，诛除灭族。
同时，为了更好的掌控朝政，桓温对朝中的异己力量大加废徙。
多位担任要职的司马氏宗亲被免除，让其返回封地，上百位与他意见不同的司马氏宗亲、重臣，都被卷入了桓温督查的新蔡王司马晃谋反案。
桓温想要将他们全部收付廷尉，请予诛杀。
然司马昱难得在这件事上，硬气一回，多次不许，为他赢得了保命的机会。
最终，几名司马宗亲被废为庶人，十几位大城被族灭，数十位官吏被免官流放。
靖平四年
二月
颍川庾氏是高门望族，势力强盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆为朝中显贵，深为桓温所忌。
去年庾希、庾倩被桓温设计，卷入谋反案诛杀后，在京的庾氏残余子弟庾希，逃出升天。
与青州刺史武沈之子武遵，二人在海边聚众抢夺船只，乘夜攻入京口，赶跑了晋陵太守卞耽。
趁机打开监狱，放出数百囚徒，发放兵器，宣称奉密旨除桓温。
卞耽逃往曲阿，征发诸县乡兵两千人，与庾希对抗。
庾希战败，退守城池。
最终被桓温派人攻破城池，身死，强盛一时的庾氏被桓温消灭，使得桓温，威势极盛。
常人见之不敢不敢久视，甚至有大臣在面对他时，执以臣礼。
宫禁之中的司马昱虽被立为皇帝，但却形同傀儡，常担心被桓温废黜，甚至向郗超询问桓温是否会再行废立。
郗超则以家族百口担保不会再发生政变，司马昱这才稍微安心。
四月
司马昱进封桓温为丞相，留其在京师辅政。
但桓温辞让不受，率军返回白石，还镇姑孰。
九月
司马昱又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户，桓温再次推辞。
靖平五年
正月
司马昱突然病重，急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。
可桓温仍推辞不肯入朝。
没有丝毫办法的司马昱，只得留下传下遗诏，让桓温摄政，效仿周公。
但侍中王坦之却据理力争，将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照王导旧例。
这边听闻司马昱崩逝，桓温原以为他临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今大失所望，怨愤不已。
二月
自从司马昱死后，群臣惧于桓温，迟迟不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。
尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位。
二月二十五日
褚太后认为孝武帝年幼，且正在居丧期间，再次提议让桓温摄政，结果被王彪之阻止。
四月
司马曜命中书侍郎谢安，征桓温入朝辅政，并加其前部羽葆、鼓吹，赐武贲六十人等殊誉。
然桓温只想要九锡之礼，推辞不受。
九月
一直等不到九锡的桓温有些着急了，因为他已经明显感到自己的身体一日不如一日。
九月十一日
桓温再次带兵入朝，并拜谒皇陵。
坊间流传桓温这次带兵入朝，是要诛除朝中的大势力王谢两族，颠覆国家。
于是慌张的司马曜立即命谢安、王坦之率百官到新亭迎接，拜于道侧，姿态不可谓不低。
然桓温却只以“卢悚入宫”一案，将尚书陆始收付廷尉。
九月二十五日
回到姑孰的桓温病重，前后不过十四日。
病重在榻的桓温终于不再掩饰，上书逼迫朝廷加其九锡之礼，并多次派人催促。
谢安、王坦之见桓温病重，以袁宏所撰锡文不好为由命其修改，借此拖延。
十月十五日
坚持不住的桓温病逝，终年六十二岁，至此锡文仍未完成。
死了的桓温，才是晋国的好臣子。
十月二十一日
朝廷追溯桓温之功，追赠桓温为丞相，谥号“宣武”，丧礼依照安平献王司马孚、霍光旧例，又赐九旒鸾辂、黄屋左纛等物。
而桓温死后，兵权尽数交给了自己的弟弟桓冲，并让他接任扬州刺史一职，继续为桓氏掌控京师。
南郡公的爵位，则是留给了幼子桓玄。
这引起了世子桓熙的不服，遂与叔父桓秘、弟弟桓济谋杀桓冲，结果被桓冲发觉，最终都被流放到了长沙。
虽然晋国因为桓温去世，实力大减，但秦夏两国却没有一丝出兵的动作。
因为在晋国陷入桓温之乱时，秦夏两国也不约而同的陷入内耗之中。