王敦闻败震怒，欲强撑病体亲赴前线督战，最终因病重乏力而未能成行。
八月一日
王敦在重病之中愤恨交加，当日便死在姑孰军府，终年五十九岁。
在临终前，留下遗命，让王应先即位称帝再为自己操办丧事。
可王应却充耳不闻，只是秘不发丧，然后只用草席包裹王敦尸身，外涂白蜡后埋于军府厅堂之中，终日只与亲信饮酒作乐，等着自己父亲王含为自己打下皇位。
因为没有名号、大义的支持，王含军士气始终不高，好在自己这边士卒众，能够维持战线。
八月三日
沈充军抵达秦淮河南岸，与王含军汇合。
与此同时，刘遐、苏峻等部边军也在昼夜兼程下，赶到建康，与宿卫军汇合。
沈充、钱凤等认为边军远来疲惫，应该趁其立足未稳，强击其阵。
遂领兵渡过秦淮河，想趁虚击溃边军。
时间拉过，仿佛一切与他们所想一致，一度攻至宣阳门外。
但司马绍对这群常年在边境的边军许下重诺，这群没见过肥肉的边卒终于发挥出了他们应有的实力，将王含、沈充等叛军打得节节败退。
更加不妙的是，不知为何，王敦死讯在军中散播开来，叛军顿时军心涣散，组织不起阵型。
王含、沈充等自知大势已去，遂连夜烧营溃逃。
司马绍遥见叛军大营火光四起，知道敌军正在溃散，遂命温峤、刘遐等追击。
最终王含、王应父子逃奔荆州，却被王舒溺杀于长江；钱凤、沈充也相继被杀，首级传送京师。
八月十八日
王敦之乱至此被彻底平定。
司马绍的一大心病消除，心神陡然放松，却突然患病不起。
太宁三年
二月
深感自己躯体不健，司马绍下诏立长子，年仅四岁的司马衍为皇太子。
确定国储，保证国家未来。
八月
司马绍神志愈加不清，召太宰、西阳王司马羕、司徒王导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹杨尹温峤等重臣。
让他们一起接受遗诏，在自己殡天之后，辅助皇太子司马衍治理国家。
八月二十五日
司马绍病逝于东堂，享年二十七岁，上谥号“明”，是为晋明皇帝，庙号“肃祖”，葬于武平陵。
第二日，太子司马衍灵前继位，在司马羕、王导等群臣的簇拥下，登基称帝，定明年年年号“咸和”。
由于天子年幼，其母皇太后庾文君临朝听政，司徒王导录尚书事，与中书令庾亮共同参辅朝政。
由于晋廷特殊的政治格局，形成了皇族与世族共治天下的局面，基本上维持了晋朝政权的平稳。
在晋廷发生翻天覆地的变化之际，北方的诸群雄也没有停歇。
白国通过各种手段，成功以平稳的手段，更换了冀州的各郡太守，实现了冀州的彻底归附。
为了更好的防备北方段匹磾、崔琨两大刺史势力，防备乐陵郡后赵的兵峰，维持冀州初步平定的局面，白王焰开始重用宗室镇压地方。
但为了不让白国步晋廷的后尘，造成宗室为了权利争斗，同室操戈。
白焰制定了《白国宗室继承法》《白氏子出镇地方细要》，开办了专门用于教育白氏子的“白国宗室学院”，简称“白宗”。
宗院所教授的知识与白学、白院不同，侧重于政治教育、道德教育、家训祖训等皇室教育，志在培养出有利于天下的宗室、皇族，
同时，在白国苏氏、原氏、全氏、白氏、张氏、崔氏等六十三家白国世族的联名上书下，白焰同意收纳世族子弟入学宗院，但必须有爵位在身。
太宁二年，白焰下达了《宗院准入限制》：
暂定白国公爵者（包括国公、郡公、县公），每三年可推荐三人入学；
侯爵者（县侯、乡侯、亭侯），每三年可推荐二人；
名誉侯爵者（关内侯、关外侯），每三年可推荐一人。
从此，白国形成了白学（白国学院）、白院（白国书院）、白宗（白国宗室学院），三大学府的学术体系。
其中白学为普通学院，任何人只要通过入学考试，即可入学的学院，人数最多，每年招生一千人，三年内通过结业考试、朝廷入职考试，即可选择加入朝廷。
白院为精英学院，大多从白学中遴选优秀弟子入书院深造，实行师生制，即一名学生，一位老师，大多可以通过老师的推荐，通过朝廷的征召，进入朝廷。
白宗则是贵族学院，只有持白国勋爵推荐信入学，或白王亲自准入，才能进入其中，接受贵族教育，只有拿到学院的毕业证书，才能顺利继承爵位。