听闻司马邺在平阳被害，南边的司马睿在刘琨等一百八十名北方将领联名上书劝进下，登基为帝，改今年年号“太兴”。
并为司马邺上谥号“愍”，是为晋愍帝。
值得一提的是，在登基典礼中，司马睿再三请王导同坐御床受贺，王导知道这是司马睿在将他架在火上烤，再三辞让不敢当，司马睿才作罢。
司马睿能够称霸长江中下游，秦岭淮河以南，离不开王导及其背后的王氏家族的支持。
明面上是司马睿控制了江南，但一定程度上是依靠王氏兄弟建立的，而王导、王敦，一内一外，实际把持了江南政权。
司马睿能够坐稳江南霸主之位，又能乘势接过司马邺的帝位，就是依靠着北人治南，而北人中实力最强大的，就是王导兄弟。
另一方面，随着司马睿地位的巩固和建邺政权统治范围的扩大，他越来越不甘于受王氏兄弟的摆布。
司马睿要王导同坐御床，表面上示以尊崇，实际上则在暗示他应该有所收敛。
称帝之后，司马睿虽然继续对王导、王敦加封官职，但是对王氏的厌恶情绪却愈发加重，态度上十分冷淡。
凡是重要的军国大计，他只与尚书令刁协及调外任丹阳尹却仍兼侍中的刘隗密议。
在二人的策划之下，司马睿制定了一系列限制大族势力、加强皇权的所谓“刻碎之政”。
为此，王导借褒奖主张“宁使网漏吞舟”，“不以察察为政”的吴郡士族顾和的举动，表明了自己与司马睿截然相反的放纵士族政策。
不仅如此，在外领兵的王敦，还直接上疏司马睿，夸耀他们弟兄的开国之功，为王导在朝内所受的冷遇鸣不平，并发泄了对司马睿的强烈不满。
奏疏中，明里暗里都是威胁，还说若事不可为，自己可能要采取适当的行动，以此来支持兄长王导。
按理说王敦向来自恃手握强兵，飞扬跋扈，常怀有废立之心，但他之所以迟迟不敢行动，是忌惮另外两位强藩：
梁州刺史周访和豫州刺史祖逖。
二人的存在使王敦如芒在背，始终不敢有叛逆之举。
周访不消多说，祖狄原是范阳人，随父母侨居在平阳郡，故幼时得以常入白国游学，受白国学风影响，常怀有报国为民之志。
且为人生性豁荡，不拘小节，轻财重义，慷慨有志节，常周济贫困，深受乡党宗族敬重。
及冠以后被郡府举为孝廉，又被司隶举为秀才，但都没有应命。
后来，祖逖与刘琨一同出任司州主簿。
两人的关系十分融洽，常纵论世事，有时夜深还不能入睡，拥被起坐，相互勉励道：
“如果天下大乱，豪杰并起，你我二人应在中原干出一番事业！”
及至八王之乱祖逖得到诸王的重视，先后效力于齐王司马冏、长沙王司马乂、豫章王司马炽。
没多久，洛阳陷落，祖逖率亲族乡党数百家南下，避乱于淮泗。
他躬自步行，把车马让给老弱病人，又把粮食、衣物和药品分给别人。逃亡途中多遇盗贼险阻，祖逖应付自如，被同行诸人推为“行主”。
这时司马睿转任扬州，命祖逖率部屯驻京口。
等到晋愍帝即位，以司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，命其率兵赴长安勤王。
可司马睿正开拓江南，根本无意北伐。
只有祖逖进言道：
“晋室之乱，并不是皇帝无道，百姓造反，而是藩王争权，自相残杀，给了夷狄可乘之机。
如今北地百姓备受蹂躏，都有奋起反击之志。
大王如能命将出师，让在下等北人为统领，江北豪杰必定会望风响应，沦亡人士也会欢欣鼓舞。
如此，也许可以申雪国耻。”
司马睿虽不愿北伐，却也不便公开反对，于是任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，但只拨予其千人粮饷、三千匹布帛，让他自募战士，自造兵器。
不过司马睿的消极态度，并没有打击到祖逖北伐的决心，反而听闻白国的《伐胡令》对北却胡人的前景愈加展望。
遂率领跟随自己南下的宗族部曲百余家，毅然从京口渡江北上，并在大江之中，用力拍击船楫，立誓要扫清中原。
太兴三年
驻地接连攻克谯县，封丘，多次击败石勒派来大军，甚至一度打败石虎的数万大军，兵锋于雍丘止，收回了河南的半数土地。
而白国也趁着石勒大军南下，出兵趁机攻占安平、清河、平原三郡，只留乐陵郡、渤海郡让石勒河南河北的领土连着。
东边混战不断，西边的汉赵国也没有闲着。
自从占据长安以后，刘聪病重，任命刘曜为相国，都督中外诸军事，镇守长安。
以太宰刘景、大司马刘骥、太师刘顗、太傅朱纪和太保呼延晏并录尚书事，
又命范隆为守尚书令、仪同三司；靳准为大司空。
二人皆决尚书奏事，以作辅政大臣，辅佐太子刘桀。