这时候，王允举着刘协的赦免诏书急忙跑出来：“天子有诏，只诛首恶，从贼免罪！”
听到这话，密密麻麻的董卓士兵才叮叮当当的放下兵器，投降。
随着信使往各政府部门送达赦免诏书。董卓的死讯很快就传了出去，士兵们都高呼万岁，百姓在路上载歌载舞，很多人把珠宝去换成酒肉来庆祝。
紧接着，朝廷派出御史中丞皇甫嵩领兵攻打董卓的郿邬，很快就将其攻克，将郿邬内的董卓全族男女，杀得一干二净。
接着朝廷又将董卓的尸体弃市，供长安百姓鞭挞，以解民愤。之后二袁氏的门生故吏，又将董卓挫骨扬灰，以报旧主之仇。
很快，郿邬中的收获被统计完毕，内珍藏有金二三万斤，银八九万斤，锦绮缋縠纨素奇玩，积如丘山。
十月十一日
朝廷以王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，进封温侯。二人同掌朝政，王允主政，吕布主军。并派遣使者张种抚慰山东，调节各郡守州牧之间的战事。
特别是公孙瓒、袁绍、袁术、曹操、刘表几人之间的战争。
董卓死后，王允态度似乎开始发生了巨大改变，似乎有些飘飘然起来。
他常常对身边的人道：“就连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”
于是他对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。每当群臣集会时，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，反而是正襟危坐，面上没有一丝和悦之色。
慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
蔡邕因为是董卓的旧臣，见到董卓死后没有一人为其收尸，为了心中的道义，他主动替董卓收了尸，并在长安郊外给他立了一座无名坟。
王允听说后，大怒，认为蔡邕是董卓余孽，下令将其押至廷尉处问罪。
听说自己的父亲下了狱，蔡文昭很是着急，找到白运：“原以为父亲在董卓手下很是危险，如今董卓已经死了，父亲怎么会反被下狱呢？
父亲为人正直，向来有一说一，绝不会与董卓同流合污，这一点，夫君你是知道的，他为董卓收尸，我估计只是因为董卓曾经是他的举主，这并不代表，他所行与董卓一样。
夫君，你不是与王司徒相熟吗？之前铲除董卓不是你还帮了大忙吗？能不能找找他，父亲绝对是被人冤枉的。”
因功升职为郎中令的白运叹息道：“夫人有所不知，下令逮捕岳丈之人，正是王允。如今他与之前不同了，不仅性情大变，而且还居功自傲，根本听不进去旁人的一点话，更别说我了。”
见蔡文昭如此伤心，白运心痛不已，安慰道：“放心，太尉马日磾与岳丈是好友，再加上他与我家有旧，我去找一找他，或许有一线生机。”
于是在蔡文昭的希望下，白运找到了马日磾，并向他说明了情况。
马日磾自然知道蔡邕的为人，很痛快的同意了白运的请求，答应亲自去向王允说情。
恰逢此时蔡邕作为文学大家以及史官，为了完成自己未完成的事业，继续写成汉史，便陈辞谢罪，自己愿意承受刺剑削足的酷刑以保全余生，只为修成汉书之后的汉史。
马日磾趁机劝说道：“伯喈是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书；
况且伯喈以忠孝闻名于士大夫之中，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心吧！”
但是王允根本不听劝告，反驳马日磾说：“前汉时，正是因为武帝不杀司马迁，才让他写成谤书，以至于流传后世。
现如今，国事衰败，社会上缺乏时代精神，更不能让蔡邕像司马迁那样，毁谤和诬蔑幼小的天子，这既是对神圣的道德教化毫无益处，而且还会使我们这些人遭到批评和指责！”
马日磾无奈，只得退出，最后蔡邕只得冤死狱中。
蔡文昭得知父亲去世，十分悲痛，去牢狱里亲自将父亲的遗体接了出来。
蔡文昭对白运说：“父亲此生整理了许多诗词歌赋，以及编写了很多作品，也想过续写《汉书》之后的史书。
但是如今遭受蒙难，以至于中道崩殂，我没有班昭那样的文采，不能帮助父兄整理续写《汉书》，但是我自小过目不忘，家中藏书我大都读过。
从雒阳而来的时候，父亲的万卷藏书都或焚毁于雒阳家中，或遗失在迁徙路上。
我想要凭借记忆，将父亲的作品整理起来，编辑成册，以全父亲之志，你认为可行吗？”
白运看着哭成泪人的蔡文昭，十分心疼道：“可行，岳丈不仅是我的父亲，也是我的老师，他有许多旷世名作，我都读过，也都记了下来，如今你有这个想法。
而这长安朝廷，我看再待下去祸患良多，不如你我辞官归乡，好好整理岳丈的遗作，之前迁都大多典籍被焚毁佚失，这对于大汉的文脉不亚于一场重创。
虽然有白国为之续脉，但是我辈之人，决不可等靠要，一切都要自己去为之奋斗。正好我在为官一途上实在是算不上有天赋，随你一起归乡整理，也不失为上策。”
于是夫妻二人整理了一番后，白运辞去了郎中令一职，带着妻子以及几大车书籍，向着河南尹偃师而行。
随着白运的辞官归乡，对于长安的官场不亚于一场大打击。
因为白运不仅是九卿之一，还是诛除董卓的大功臣，更是白氏在长安的主事人，白运这一走，整个长安朝廷就没有了一个白氏人，这让许多官员感到空虚。
古往今来，没有白氏之人存在的朝廷，还能够叫朝廷吗？王允连这样的人都不能留住，看来这长安也不能久待。
没几天，不断有官员辞职归乡，其中不乏有名士，一点都不像一个中央朝廷的气度，甚至连董卓时期都不能比拟。
可是王允对这一切都丝毫不知，反而依旧我行我素，不但对朝臣严苛至极，甚至对董卓的旧部，也是朝令夕改反复无常，态度极不慎重。
吕布也颇为看不惯王允的行事风格，多次劝说对待董卓的旧部要宽容些，又建议把董卓的一些财物赏赐给公卿、将校，但是都被王允拒绝。
不仅如此，王允平日还看不起吕布，总是以剑客的态度对待他。这让吕布颇为恼怒，但是想起白运离开前告诫他的话，也只得忍耐下来，只是逐渐与王允疏远、不和起来。